La piccola penisola di Magnisi, chiamata anticamente Thapsos, fra il golfo di Siracusa e quello di Augusta, ha ospitato, fra il XV e il IX sec. a.C., un insediamento preistorico la cui prima fase di vita (XV-XIII sec. a.C.) ha dato il nome alla facies culturale più diffusa, nella Media età del bronzo, nella Sicilia orientale e centrale.

Estese indagini archeologiche furono eseguite da Paolo Orsi nel 1894 e interessarono la necropoli che si estende intorno al Faro. Dalla fine degli anni ‘60 del secolo scorso in poi, gruppi di tombe a grotticella artificiale sono stati individuati ed esplorati sia nella zona centrale che in quella meridionale della penisola. 

A grotticella artificiale con camere sepolcrali a pianta circolare o subcircolare e soffitto a volta, sono fornite di vestibolo, servito da corridoio (dromos), o costituito da un semplice pozzetto cilindrico. Il rito sepolcrale è l’inumazione; ogni tomba accoglie più deposizioni, spesso anche molto numerose. I corredi funebri sono costituiti da ceramiche, oggetti di metallo, osso, pasta vitrea, ambra e, in rari casi, oro.

Molte le importazioni sia di vasellame di produzione micenea appartenente al Tardo Elladico IIIA1 e IIIA2, in qualche caso al IIIB che di ceramiche cipriote (Base Ring II Ware e White Shaved Ware) e maltesi (Borg-in-Nadur e Bahrija).

Nella zona centrale della penisola sono state individuate delle tombe a enchytrismos sistemate in concavità naturali della superficie rocciosa, nelle quali venivano adagiati orizzontalmente grossi pithoi, ognuno dei quali accoglieva un inumato senza oggetti di corredo.

Il vasto abitato è articolato in diverse fasi costruttive. Dal primo impianto a capanne circolari disposte con un’embrionale forma di organizzazione si passa, fra il XIII e il XII sec. a.C., ad un complesso di vani rettangolari distribuiti intorno a cortili pavimentati e collegati da stradelle regolari e spazi comuni esterni; si delinea per la prima volta in Sicilia, l’insorgere del fenomeno urbano, il cui più diretto ascendente, testimoniato anche dalle ceramiche di importazione rinvenute, è il mondo miceneo, nell’ambito della vasta rete di contatti transmarini che la Grecia micenea riuscì ad intessere per tutto il Mediterraneo. 

Fra l’area dell’abitato e la zona della necropoli, si trovano i tratti di due linee di fortificazione: la più meridionale, ad andamento curvo, dell’età del Bronzo antico, racchiudente la breve area di un insediamento coevo; la seconda, ad andamento rettilineo, più discontinua, di epoca sicuramente posteriore, è da vedere in rapporto con l’abitato costruito sull’istmo.